W skład Instytutu Problemów Jądrowych wchodzi 8 zakładów naukowych, Dział Szkolenia i Doradztwa, Zakład Aparatury Jądrowej (ZdAJ, producent akceleratorów medycznych) i służby pomocnicze.

W Świerku są zlokalizowane:
Zakład Interdyscyplinarnych Zastosowań Fizyki (P-II)
Zakład Detektorów i Elektroniki Jądrowej (P-III)
Zakład Fizyki Plazmy i Inżynierii Materiałów (P-V)
Zakład Fizyki i Techniki Akceleracji Cząstek (P-X)
Dział Szkolenia i Doradztwa
Zakład Aparatury Jądrowej
Samodzielne Laboratorium Aparatury Astrofizycznej
Biblioteka Naukowa

W Warszawie są zlokalizowane:
Zakład Reakcji Jądrowych (P-I)
Zakład Fizyki Wielkich Energii (P-VI)
Zakład Fizyki Teoretycznej (P-VIII)

W Łodzi jest zlokalizowany:
Zakład Fizyki Promieniowania Kosmicznego (P-VII)