Obecnie IPJ oferuje możliwość wykonania pracy doktorskiej z jednego z kilkudziesięciu tematów z dziedziny fizyki cząstek elementarnych, promieniowania kosmicznego, astrofizyki cząstek i kosmologii, fizyki jądrowej, fizyki i technologii plazmy, fizyki ciała stałego i materiałowej. (Lista tematów zostanie uaktualniona na poczatku maja.) Doktoranci włączani są w międzynarodowe programy badań prowadzone we współpracy z wiodącymi ośrodkami na świecie. W IPJ studiuje w tej chwili ok. 20 osób, w tym kilku studentów zagranicznych. Studenci otrzymują stałe stypendia pod warunkiem spełnienia wymogów określonych w rozporządzeniu Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego.